拜將封侯

元光元年（前134年），大行令王恢受馬邑城商人聶壹之言建議漢武帝。一番部署之后，武帝拜御史大夫韓安國(guó)為護(hù)將軍，領(lǐng)四將軍。發(fā)伏兵二十余萬(wàn)于馬邑城旁山谷中誘擊匈奴單于。公孫賀時(shí)封為輕車(chē)將軍號(hào)，駐兵在其中。此次軍事行動(dòng)因泄露而失敗，眾將皆無(wú)功。元光五年（前130年，一說(shuō)元光六年），匈奴南下。武帝派軍分四路出擊匈奴于關(guān)市下。公孫賀再封輕車(chē)將軍，領(lǐng)命出云中。無(wú)所斬獲，亦無(wú)功。

元朔五年（前124年）春，公孫賀以騎將軍號(hào)跟從車(chē)騎將軍衛(wèi)青出擊匈奴。并與彊弩將軍李沮、輕車(chē)將軍李蔡一同從朔方出發(fā)。在與匈奴的交戰(zhàn)中，公孫賀捕獲匈奴王，有功。班師回朝后，于四月丁未日，漢武帝封公孫賀一千三百戶南奅侯。

元朔六年（前123年）、元狩四年（前119年），公孫賀三次以左將軍號(hào)隨大將軍衛(wèi)青從定襄出擊匈奴，皆無(wú)功。

酎金失侯

元鼎五年（前112年）九月，列侯因獻(xiàn)給朝廷祭祀宗廟的黃金成色不足分量不夠，由此犯下不敬之罪而被奪去侯爵者共計(jì)六百人，南奅侯公孫賀在其中。

元鼎六年（前111年），武帝欲給因軍功封侯又因酎金失侯的公孫賀和趙破奴復(fù)侯機(jī)會(huì)，便封公孫賀浮沮將軍號(hào)，遣其領(lǐng)兵一萬(wàn)五千騎從五原郡（一云“九原”）出擊匈奴。然后由于匈奴在武帝年間一系列連續(xù)反擊中元?dú)獯髠魉哪辏ㄇ?19年）的漠北之戰(zhàn)后更是遠(yuǎn)遁漠北。故而公孫賀遠(yuǎn)走二千余里至浮苴井卻并未遇見(jiàn)匈奴一人，最終無(wú)功而返。

位列三公

太初二年（前103年）正月戊寅（一說(shuō)“戊申”），丞相石慶薨。武帝欲拜公孫賀為三公之首，因自漢高祖以來(lái)，丞相皆用列侯任之。故武帝于閏三月丁卯封公孫賀為葛繹侯，并詔其續(xù)任丞相之職。然后當(dāng)時(shí)朝廷正值多事之秋，對(duì)大臣的要求及監(jiān)督非常嚴(yán)格。自丞相公孫弘老死任上之后，李蔡、莊青翟、趙周皆因罪自殺，前任石慶雖秉承其家嚴(yán)謹(jǐn)作風(fēng)，亦數(shù)次受到武帝譴責(zé)。公孫賀害怕自己不能擔(dān)此重任，一但有所紕漏恐將禍延于身，不肯受丞相的金印紫綬，見(jiàn)武帝生氣后才不得已拜受。公孫賀升任后，太仆之位空缺。于是，武帝又將自己的外甥、時(shí)為侍中的公孫賀與衛(wèi)君孺之子公孫敬聲擢升為太仆。

冤死獄中

征和元年（前92年），公孫敬聲憑借著母親衛(wèi)君孺是皇后的姐姐，行事驕奢不守法紀(jì)，居九卿太仆之高位，擅用北軍軍餉一千九百萬(wàn)錢(qián)。事情敗露之后被捕下獄。這時(shí)，漢武帝下詔欲抓捕的陽(yáng)陵人朱安世卻遲遲未能歸案，公孫賀便請(qǐng)命此差以贖公孫敬聲的罪過(guò)。武帝答應(yīng)此請(qǐng)。后來(lái)朱安世果然被捕成功，卻在獄中上書(shū)誣告公孫敬聲與陽(yáng)石公主私通以及行巫蠱詛咒天子之事。征和二年（前92年）春正月，公孫賀被抓捕，并冠以興利弟子賓客不顧黎民死活等多條罪名，父子雙雙死于獄中。

后元元年（前88年），丞相田千秋為寬慰武帝于巫蠱之禍中留下的傷痛而勸誡武帝尋找自?shī)首詷?lè)的方法。武帝在與田千秋的對(duì)話中曾提到：巫蠱案初，廷尉的審理中并未查問(wèn)審訊出罪證。